Στο Τμήμα Μουσικών Σπουδών λειτουργούν τέσσερα θεσμοθετημένα ερευνητικά εργαστήρια, καθώς και μια σειρά από άτυπες ερευνητικές ομάδες που δραστηριοποιούνται τόσο στο πλαίσιο των εργαστηρίων, όσο και ανεξάρτητα, μέσω διεπιστημονικών συνεργασιών.
- Εργαστήριο Σύγχρονης Μουσικής (ΦΕΚ1845/12.9.08 τ. Β΄)
- Εργαστήριο Έρευνας Μουσικής Εικονογραφίας (ΦΕΚ 3029/22.09.2016 τ. Β’)
- Εργαστήριο Ελληνικής Δημοτικής και Βυζαντινής Μουσικής (ΦΕΚ 105/23.01.2018 τ. Β’)
- Εργαστήριο Τεχνολογιών Ήχου και Μουσικής (ΦΕΚ 65/19.1.2018 τ. Β’)